Sindirim sisteminin sağlıklı çalışmasına etkisi bulunmaktadır, mide rahatsızlıklarını önler. Şeker hastaları için yararlı bir besindir, kan şekerini düzenleyici etkisi bulunmaktadır. Kaymağı alınmış ve mutlaka ekşimemiş yoğurt tercih edilmelidir.
Bağırsak düzensizliklerinin giderilmesine, özellikle çocuk ve yetişkinlerde karşılaşılan ishallerin tedavisine yardımcı olur. Bağırsaklarda bulunan tehlikeli ve zararlı mikropların çoğalmalarına ve hatta yaşamalarına engel olur.
Kanser riskini azaltır, özellikle kolon kanserine karşı koruyucu etkisi bulunmaktadır.Vücuttaki kolesterol miktarının azalmasına yardımcı olur, LDL kolesterolü azaltır. Kandaki asit baz dengesini sağlıklı hale getirir.
Süt ve süt ürünlerini tükettikten sonra laktoz intolerans nedeniyle bağırsaklarda gaz problemi yaşayan kişilerde laktozun parçalanması nedeniyle gaz oluşumunu azaltır. Bağırsakları temizlediği, zararlı bakterileri önleyerek ishal oluşumunu engellediği için gıda zehirlenmelerine karşı koruyucudur.
Bağırsaklarda B vitaminlerinin bolca üretilmesini sağlar.
Rahatlatıcı etkisi bulunmaktadır. Bu nedenle iyi ve rahat bir uyku için idealdir. Kalsiyumun daha fazla emilmesini ve bağışıklık sisteminin güçlendirilmesini sağlamaktadır. Antibiyotik kullananlar, ilacın etkisiyle zarar görebilecek yararlı bakterilerin korunması amacıyla yoğurt yemelidirler.
Midesi çok duyarlı olanlar ile oniki parmak bağırsağı ülseri olanlara dokunabilir. Bu durumda dikkatli tüketilmelidir.
Yoğurt ayrıca inulin adıyla bilinen, alt sindirim sistemindeki sağlığı geliştirici bakterilerin üremelerini ve canlı kalmalarını sağlayan prebiotik bir madde içermektedir. Yoğurt gibi fermente süt ürünlerinin üretiminde kullanılan geleneksel laktik asit bakterileri gastrointestinal sistemde canlı kalamaz.