Karaciğerde yapılan safranın herhangi bir nedenle içeriğinin (kimyasal yapısı) bozulması sonucu çoğunlukla safra kesesinde veya safra kanallarında çökelmesi sonucu oluşur. Başlangıçta çamur şeklini alan safra daha sonra daha da katılaşarak safra taşı şeklini alır. Safra taşı hemen hemen daima safra kesesinde oluşur. Hastaların yaklaşık %10 unda beraberinde safra kanallarında da taş bulunabilir.