İzmir Hıfzıssıhha Enstitüsü Müdürlüğü; 3959 sayılı kanunla, Refik Saydam Merkez Hıfzıssıhha Müessesesine bağlı Refik Saydam Hıfzıssıhha Enstitüsü İzmir Şube Müdürlüğü olarak kurulmuş ve 1969 yılında faaliyete geçmiştir.  Hıfzıssıhhaların yeniden yapılanması çerçevesinde Sağlık Bakanlığı’nın 30.06.1986 gün ve 70 sayılı onayı ile Sağlık Bakanlığı Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı’na bağlı İzmir Hıfzıssıhha Enstitüsü Müdürlüğü olarak Manisa, Aydın, Balıkesir,  Çanakkale, Uşak, Denizli ve Muğla Halk Sağlığı Laboratuarlarını refere etmek üzere idari ve mali yönden yeniden düzenlenmiştir.

1968 yılında şimdiki dahiliye servisi binası Kaymakam Mustafa Atak'ın katkılarıyla Bergamalılar tarafından inşa edildi. Ekim 1973 yılında Mehmet Yavaşça tarafından Doğum pavyonunun temelleri atıldı. Çandarlılı bir hakim olan Zait Çandarlı'nın vasiyeti  üzerine de 1976 yılında çocuk pavyonu yapıldı. Şu anda idare ve poliklinik katı olarak kullanılmakta olan bina Kemal Gündoğdu tarafından yaptırılarak hizmete açıldı. En son katkı olarak radyoloji binasına yapılan laboratuar ve idare binası olarak kullanılan bina ise 2000 yılında Müdür İbrahim Küsmüş'ün önderliğinde yapılmıştır.