Yeni doğmuş bebeklerin kalbinin incelendiği ekokardiografi yöntemi ile anne karnındaki bebeklerin kalbindeki bir sorun da bu yolla tespit edilebilir. Kulakla duyulamayacak dalga boyundaki ses dalgaları kullanan ultrason cihazları ve özel bilgisayar programları anne karnındaki bebeklerin kalp sağlığını belirlemektedir. Bu inceleme yöntemine, “fetal ekokardiografi” denilmektedir.
Kulakla duyulamayacak ses dalgalarının, doğmamış bebeğe hiçbir zararı bulunmamaktadır. Bu yöntemi kullanan merkezlerde uzun yıllardır binlerce fetal ekokardiografi yapılmış ve tecrübeli uzmanların elinde bu yöntemin hiçbir yan etkisi olmadığı kabul edilmiştir. Anne karnının üzerinden yapılan fetal ekokardiografi ile genellikle 20’inci hafta ile 24’üncü hafta arasında iyi görüntü elde edilir. 18’inci haftadan itibaren de fikir edinmek mümkün olabilir. Ancak daha da erken haftalarda bu yöntemle ayrıntılı ve güvenilir sonuç almak zorlaşmaktadır. Bir de doğuma yaklaştıkça -bebeğin çok irileşmesi ve leğen kemiğinin içine doğru ilerlemesi nedeniyle- bu görüntüleme işleminde güçlüklerle karşılaşılabilmektedir. İşlem, yaklaşık yarım ile bir saat arasında sürebilir. Ekranda görüntü oluşturabilmeyi olumsuz etkileyen çeşitli nedenler bu süreyi uzatmaktadırlar. Örneğin, bebeğin rahim içindeki duruş şekli, bebeği çevreleyen sıvının çok az veya çok fazla olması, bebeğin yaşı, ikiz veya üçüz gebeliklerin varlığı gibi. Doğduktan sonra hayatı tehdit edebilecek bütün kalp hastalıkları prensip olarak tanınabilir. Yani, kalbin boşluklarının ve giren-çıkan bütün damarların normal oluşmuş olduğu, dört adet kapağın sağlam olduğu, kalbin “büyük odacıkları” arasında büyük bir delik olmadığı gibi konular rahatlıkla görülebilmektedir. Her işlemde olduğu gibi bu işlemde de küçük bir yanılma payı vardır. Görüntü almayı güçleştiren ve inceleme süresini uzatan nedenler, yanılmaya da yol açabilir. Ancak “hayatı tehdit eden kalp yapı bozuklukları” söz konusu olduğunda bu yanılmaların payı çok düşüktür. Yani, ana damarların yanlış bölmelerden çıktığı veya kapakların tıkalı olduğu gibi sorunlarda yanılma payı çok düşüktür. Doğumdan sonra acil kalp operasyonu gerektiren hastalıklar fetal ekokardiografi ile güvenilir bir şekilde tanınabilir. Ancak, küçük delikler ve kapaklardaki hafif bozukluklar belirlenemeyebilir.