Osmanlı padişahlarından Yavuz Sultan Selim anısına oğlu Kanuni Sultan Süleyman tarafından 1548-1550 tarihinde yaptırılmış olup esas ismi Yavuz Selim Medresesi ya da Yenibahçe Selim Medresesi’dir.

Mimar Sinan eseri olan yapıya çevreden gelen istekler sonucu 1563’te bir minber ve minare eklenerek mescid haline getirilmiştir.

1914’te yapılan tespitte çalışır durumda olan yapı çevrede çıkan yangından sonra 1918’de aşhane olarak kullanılmaya başlanmış ve aynı yıl çıkan diğer bir yangında hasar görmüştür.

1958-1962 yılları arasında Vakıflar Genel Müdürlüğü’nce restore edilerek 1968’de Türk Hat Sanatları Müzesi olarak kullanılmaya başlanmıştır. Bu onarım sırasında 1942’de yıkılmış olan minare yeniden yapılmamıştır. 1980’lerde boş kalan binanın restoresi 1989-1992 yılları arasında Sağlık Vakfı tarafından üstlenilmiştir. Binada 1992 yılından sonra Şadiye Hatun Tıp Merkezi olarak sağlık hizmeti verilmektedir.

Şadiye Hatun Tıp Merkezi, vakıf anlayışı ile hizmet veren özel bir sağlık kuruluşudur. Hata yapanın değil, hatanın ortadan kaldırıldığı ilkesinin benimsendiği ve saygının yüceltildiği, birey değil takım ruhuna sahip bir ailedir.